De manière générale, les principaux thèmes de recherche abordés par le Cemubac sont les suivants :

• Malnutrition protéino-énergétique et autres carences nutritionnelles (vitamine A, iode, zinc et cuivre) : prévalence, facteurs de risque et prise en charge.
• Systèmes de santé : amélioration de la prise en charge de la femme enceinte et du nouveau-né, le district sanitaire en situation critique, les systèmes d’information sanitaires.
• VIH : transmission mère-enfant, état nutritionnel
• Santé du couple mère-enfant
• Méthodes statistiques appliquée à la Santé Publique et l’Epidémiologie.

De manière plus concrète, depuis l'année 2000, plusieurs collaborateurs ont présentés ou préparent des travaux de doctorats portant sur les thèmes suivants :

• Carence en vitamine A : épidémiologie et impact de différentes stratégies (Dr Philippe Donnen)
• Adéquation des systèmes de santé de district en situation critique (Dr Denis Porignon)
• Contribution à l'amélioration et l'évaluatio de la prise en charge globale de l'enfant hospitalisé en Afrique centrale (Dr Jean-Lambert Bahwere)
• (Dr Mughisho)
• Paludisme et malnutrition - République démocratique du Congo (Dr Prudence Mitangala)
• Nutrition à assise communautaire - République démocratique du Congo (Dr Ghislain Bisimwa)
• Transmission mère-enfant du VIH - République démocratique du Congo (Dr Carole Shirvel)
• Carence en micronutriments et impact de différentes stratégies de supplémentation en fer et en zinc chez les enfants d’âge préscolaire - Burkina Faso (Dr Herman Ouedraogo)
• Malnutrition et VIH chez les enfants - Burkina Faso (Dr Léon Savadogo)
• Petits poids de naissance et impact d’une supplémentation en micronutriments chez la femme enceinte - Burkina Faso (Dr Patrick Kabore)
• Spiruline et réhabilitation d’enfants en malnutrition - Niger (Dr Maïmouna Halidou-Guéro)
• Mortalité et prise en charge dans le service de pédiatrie de l’hôpital de Goma - République démocratique du Congo (Dr Richard Bitwe)
• Comportements sexuels à risque des adolescents en situation de précarité à Lubumbashi - République démocratique du Congo (Dr Jean-Marie Kalau)
• Formation et équipement adéquat des services et amélioration de la santé de la mère et du nouveau né -Burkina Faso (Dr Issiaka Sombié)